Kültür ve Turizm Bakanlığı, konuyla ilgili soruşturma başlatırken, müze müdürü Emel Özkan’ın ifadesine başvurulduğu bildirildi. İddiaların gerçeği yansıtmadığını söyleyen Özkan ise “Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi’nde 600 yıllık top bulunmamaktadır. Müzedeki toplar 19’uncu yüzyıla ait olup, geçmiş yıllarda olduğu gibi korozyonun önlenmesi için boyanmıştır. Yapıdaki orijinal taş duvar ve sıvalara ise kesinlikle müdahale edilmemiştir” diyerek kendini savundu.
Bodrum’da geçen 4-5 Haziran’da düzenlenen 4’üncü Türk Konseyi Zirvesi’ne katılacak Cumhurbaşkanı Abdullah Gül’ün ilçeye gelişi öncesinde Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi’nde tarihi yapıların tahrip edildiği ileri sürüldü. Zirve kapsamında müzenin bulunduğu Bodrum Kalesi Kuzey Hendeği’nde düzenlenen Cumhurbaşkanı Gül’ün de konuk devlet başkanlarıyla katılması beklenen ancak yağmur nedeniyle katılamadıkları ‘Türk Düğümü’ adı altındaki konser nedeniyle müzede bazı düzenlemeler yapıldı.
Bu kapsamda Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi müdürü Emel Özkan’ın talimatıyla, 3 hafta önce tarihi kalenin girişindeki surların plastik boya, 600 Osmanlı toplarının ise yağlı boya ile boyandığının ortaya çıkması tarihçileri ve Bodrumlular’ın tepkisine neden oldu. Bir internet sitesinde tarihi dokuya zarar verdiği ileri sürülen müze müdürü Özkan’ın görevden alınması için imza kampanyası başlatıldı. İki günde kampanyaya bin kişi destek verdi. Kültür ve Turizm Bakanlığı da konuyla ilgili soruşturma başlatıldı.